Miguel José nació el 24 de noviembre de 1713 en Petra, en la isla de Mallorca, hijo de Antonio Serra y Margarita Ferrer. Recibió la confirmación cuando solo tenía 2 años, durante una visita del obispo de Mallorca. Cuando aún era niño, ayudó a su familia en las labores del campo y asistió a la escuela anexa al convento franciscano de San Bernardino.
Tras un año de estudios filosóficos en el convento de San Francisco de Palma, tomó el hábito franciscano en el convento de Santa María de Jesús a la edad de 17 años. El 15 de septiembre de 1731 emitió sus votos religiosos y tomó el nombre de Junípero, debido a su gran admiración por Fr. Junípero, uno de los primeros compañeros de San Francisco. Tras completar brillantemente sus estudios teológicos, fue ordenado diácono en 1736. Posteriormente recibió la ordenación sacerdotal en una fecha incierta, pero lo cierto es que en 1743 fue destinado a enseñar filosofía en el convento de San Francisco de Palma, donde había pasado sus años de formación y completado sus cursos de teología. Esta primera etapa docente puso de relieve sus dotes de buen orador, hasta el punto de que su fama y admiración en toda la isla fueron en aumento, fue incluso llamado a ocupar la cátedra de teología escotista en la famosa Universidad Lulliana de Palma de Mallorca.
A la edad de 35 años, Fr. Junípero partió hacia las misiones de América junto con uno de sus discípulos, Fr. Francisco Palóu, que permaneció junto a él durante toda su vida.
Tras embarcarse el 13 de abril de 1749 en Málaga, cerca de Cádiz, y tras una dramática travesía, llegaron a San Juan de Puerto Rico el 18 de octubre y desembarcaron en las costas mexicanas el 7 de diciembre. Tras prepararse para la misión entre los indígenas, partió hacia la Sierra Gorda, en el centro-norte de México, con su compañero el hermano Palóu, llegando a Jalpán el 16 de junio. Aquí comenzó a predicar a los nativos y les ayudó a conocer las oraciones ordinarias y el catecismo, que traducía al idioma local. También les impartió los rudimentos de la ciencia y el arte, y les educó en las labores de la tierra. Gracias a su ayuda, pudo construir en Santiago de Jalpán un templo de piedra de estilo barroco, considerado todavía de interés arquitectónico y utilizado posteriormente como modelo para la construcción de cuatro iglesias en las demás misiones. Su actividad fue extraordinaria en todos los campos, pero especialmente en la evangelización.
De 1758 a 1767 vivió en el colegio apostólico de San Fernando como maestro de novicios y predicador de misiones en varias diócesis mexicanas. Nunca dejó de insistir en la importancia de las celebraciones litúrgicas, pero, sobre todo, introdujo un modelo de vida comunitaria y de organización económica, enseñando a trabajar el campo, a criar ganado y a practicar el arte de la alfarería.
En junio de 1767, tras la expulsión de los jesuitas de las posesiones del virreinato de España por parte de Carlos III, las misiones de la Baja California fueron confiadas a los franciscanos y Fr. Junípero fue nombrado su superior. El 1 de abril de 1768, junto con otros catorce compañeros, emprendió el valiente y agotador viaje hacia la península de Baja California, donde no escatimó esfuerzos. Tras solo dos años, logró fundar la primera misión californiana, San Diego d'Alcalà; más tarde, trasladándose a la Alta California, fundó las misiones de San Carlos Borromeo en Monterrey (más tarde trasladada a orillas del río Carmelo), San Antonio de Padua el 14 de julio de 1771, San Gabriel (hoy parte de la gran ciudad de Los Ángeles) el 8 de septiembre de 1771 y San Luis Obispo el 1 de septiembre de 1772. Prosiguió su lenta pero inexorable labor de evangelización misional, continuando con la fundación de nuevas misiones: el 1 de agosto de 1776, la de San Francisco; el 1 de noviembre, la de San Juan Capistrano; y el 7 de enero de 1777, la de Santa Clara.
De estas misiones derivan los nombres franciscanos de ciudades tan importantes como San Francisco, San Diego, Los Ángeles...
Murió el 28 de agosto de 1784 en el retiro carmelita de Monterrey (California), a la edad de 71 años, de los cuales 36 los dedicó a la misión. Su fiel discípulo, el Hermano Francis Palóu, escribió sobre su vida aventurera como testigo presencial.
Desde el 1 de marzo de 1931, su estatua, que representa al estado de California, se encuentra entre las de los padres fundadores de los Estados Unidos en el hall del Congreso en Washington, la única de un religioso en el santuario de los americanos ilustres. El pico más alto de la sierra de Santa Lucía, en California, lleva su nombre.
El papa Juan Pablo II lo beatificó el 25 de septiembre de 1988; el papa Francisco lo canonizó el 23 de septiembre de 2015.
Cf. Frailes Menores Santos y Beatos, editado por Fr. Silvano Bracci, OFM y Sor Antonietta Pozzebon, FMSC. Editrice Velar, 2009, pp. 334-337.
